Das Naturell, die Kranhbeit, das Artzthum und die Heilmittel der Uberuwohner Brasiliens (Munich, 1844)[3], considerada por Herbert Baldus a melhor, ou, pelo menos, a mais completa no gênero;[4] as Beiträge zur Ethnographie und Sprecbenkunde Amerika's zumal Brasiliens (Leipzig, 1867);[5] e a Glossária Linguarum Brasiliensis (Erlagen, 1863). Nas Beiträge sustentava Martius idéias consideradas hoje insustentáveis, mas, ao mesmo tempo, iluminava a tosca divisão dos índios do Brasil em Tupi e Tapuia, apresentada desde o século XVII por Simão de Vasconcelos. 1 2 Estabelecendo uma nova classificação em 8 grupos, Martius podia ser chamado, segundo sustenta Herbert Baldus, “o fundador da etnografia brasileira, por ter sido o primeiro a dar uma sinopse etnográfica, não somente de urna faixa mais ou menos larga do litoral, como [o] fizeram seus predecessores, mas do Brasil inteiro, considerando condignamente também as tribos até então tratadas como Tapuias, investigando ‘extensivamente’ além das línguas, numerosos outros aspectos sociais e culturais, e abrindo, com tudo isso, os alicerces para o estudo científico das populações índias dêste vasto país".[6]
Martius foi, assim, para o chefe da Secção de Etnografia do Museu Paulista, o primeiro grande sistematisador da etnografia brasileira, apesar das deficiências que hoje se podem notar em sua obra. Para Baldus, ainda, Martius, com Karl von den Steinen e Paul Ehrenreich são os três principais iniciadores da etnologia brasileira do século passado.[7] Martius sustentava, nas Beiträge, que os americanos não são selvagens, mas asselvajados e decaidos, Para Baldus, durante os três anos em que Martius percorreu o interior do páis, de São Paulo ao Maranhão, subindo o Amazonas, ficou conhecendo índios de numerosas tribos, mas geralmente indivíduos isolados de sua cultura originária e muito influenciados pelo contacto com os brancos, ou tribos que sofreram consideravelmente essas mesmas influências. Foram tais índios que serviram de base à formação de determinadas hipóteses do grande botânico. “Apesar de considerar o Brasil etnograficamente um enorme formigueiro, com migrações internas sem cessar, Martius fez uma classificação dos índios que marcou época e serviu aos trabalhos de K. von den Steinen e Ehrenreich".
A expedição austríaca e bávara de 1817 foi a mais frutífera de tôdas
