de Duarte Coelho ilustraram de modo pungente esta anarquia lastimosa. E a anarquia intercapitanial conjugava-se com a anarquia intestina. Autoridades e mais autoridades, leis claras, prescrições restritivas havia: qual o meio de pô-las em atividade e dar-lhes força? Como imobilizariam os donatários em funções de governo recursos que não sobejavam para misteres econômicos?
O remédio preferido por d. João III consistiu em tomar posse da capitania deixada devoluta pela morte de Coutinho, com os recursos da coroa estabelecer uma organização mais vigorosa, criar um governo geral, forte bastante para garantir a ordem interna e estabelecer a concórdia entre os diversos centros de população.
Rasgaram-se assim doações e forais, onde só estavam previstos conflitos entre solarengos e senhores hereditários, e só se fitava equiparar a situação destes à do rei contra os poderosos vassalos medievais. Os poucos protestos dos interessados passaram desatendidos, e em 1549, sem abolir de todo o sistema feudal, instituiu-se novo regime.
Constava de um capitão-mor, incumbido da administração civil e militar, de um provedor-mor, encarregado dos negócios da fazenda, de um ouvidor-mor, chefe da justiça. Exerciam a autoridade primariamente na Bahia; nas outras capitanias tinham delegados; quando iam a qualquer delas, competia-lhes conhecer de ação nova; na ausência agiam só por meio de recursos. Numerosos, excessivos oficiais distribuíam-se por estes três ministérios ou desfrutavam magras sinecuras.
Acompanhado por quatrocentos soldados, seiscentos degradados, muitos mecânicos pagos pelo erário, partiu de Lisboa em fevereiro o primeiro governador, Tomé de Sousa, com Pero Borges, ouvidor-geral, Antônio Cardoso de Barros, procurador-mor da fazenda, e aportou à baía de Todos-os-Santos em fins de março de 1549.
Saltando em terra tratou logo de escolher local apropriado para a cidade que vinha fundar, de fortalecê-la
