Tendo Estácio de Sá sucumbido às conseqüências de ferimentos recebidos em combate, o governador seu tio demorou mais de um ano na cidade, transferiu-a mais para dentro da baía, para o morro agora chamado do Castelo, que muniu de fossos, cercou de muros, enriqueceu de edifícios, como cumpria a uma cidade real (1567-1568). Ficou esta sendo a segunda capitania da coroa, conquanto pelos termos da carta de doação devesse pertencer a Martim Afonso.
Outras guerras houve por este tempo no Espírito Santo, em Porto Seguro, nos Ilhéus, na Bahia, cujos índios ficaram sujeitos desde Camamu até Itapecuru, distância de quarenta léguas.
Com a derrota dos naturais de Paraguaçu e Ilhéus destruiu-se o que poderíamos chamar uma marca da língua geral, e irromperam os Tapuias, até então sopeados. Ninguém lucrou com a substituição: “os Aimorés, homens robustos e feros, andam sempre pelo mato, no qual bastam quatro para destruir um grande exército”, geme um contemporâneo. Só no século seguinte se remediou o mal.
Estes feitos bélicos não constituem todo o governo de Mem de Sá, homem da toga, desembargador da casa da Suplicação. Entre todos seus serviços sobreleva o auxílio prestado a Nóbrega para realizar a obra das missões.
Esgotaria todos os préstimos dos Brasis fornecerem matéria prima para a mestiçagem e para os trabalhos servis, meras máquinas de prazer bastardo e de labuta incomportável? Se não com palavras, isto afirmavam os colonos de modo menos ambíguo por atos repetidos em pertinácia invariável. Ora, os jesuítas representavam outra concepção da natureza humana. Racional como os outros homens, o indígena aparecia-lhes educável. Na tábua rasa das inteligências infantis podia-se imprimir todo o bem; aos adultos e velhos seria difícil acepilhar, poderiam, porém, aparar-se arestas, afastando as bebedeiras, causa de tantas desordens, proibindo-lhes comerem carne humana, de significação ritual repugnante aos ocidentais, impondo
