Por fim, Constantino Menelau, depois de vencê-los, obstruiu o porto, e Estevão Gomes estabeleceu uma pequena fortaleza. Flagelados pelas bexigas, os Guaitacás aproximaram-se dos brancos que os poderiam socorrer. Para a conciliação muito contribuiu o jesuíta Domingos Rodrigues.
Este mesmo Domingos Rodrigues, mais tarde egresso da Companhia de Jesus, em Ilheus, Álvaro Rodrigues Adôrno, na Cachoeira, levaram a bom termo a pacificação dos Aimorés. Por este modo desde o Rio até a cidade do Salvador cessaram temporariamente suas devastações os tão temidos Tapuias do litoral, que só reaparecem pelos meados do século.
Ao Norte da Bahia apresenta-se como mais notável o fato da conquista de Sergipe. Desde os últimos tempos de Mem de Sá a empresa afigurara-se fácil, pois não cessavam mensagens pedindo aos padres da Companhia que fossem até lá levar a boa nova. Com os dois jesuítas mandados a este fim partiram os soldados e mamalucos, ávidos de escravos, que plantaram a sizania entre os Tupinambás, e alienaram sua confiança. Todas as desconfianças confirmou o governador Luís de Brito de Almeida no ano de 74, fazendo guerra implacável aos índios, aprisionando uns, afugentando outros, devastando aquelas comarcas, por simples desfastio destruidor, poderia crer-se; pois durante cerca de dois decênios quedou estacionária a obra colonizadora.
Em fins de 89, Cristóvão de Barros, governador interino por morte de Manuel Teles Barreto, repetiu de novo a tentativa, com melhor êxito. Parte da força seguiu por mar, parte por terra, e reunidos deram em várias cercas dos naturais, que foram derrotados.
Acossando estes, penetraram alguns aventureiros até o rio S. Francisco. No território devoluto Cristóvão de Barros separou uma enorme sesmaria para o filho; esta serviu de craveira para outras, e dentro em pouco não havia mais o que distribuir. Com esta campanha os franceses perderam as antigas ligações no rio Real.
