palavras eram genéricas, sem referência alguma especial à Companhia de Jesus. De suas reclamações resultaram duas leis, datadas de 6 e 7 de junho do ano seguinte, uma abolindo a administração temporal dos missionários nas aldeias, proclamando a outra mais uma vez a liberdade absoluta dos indígenas. Deixou-se ao arbítrio do governador geral o modo e a ocasião de publicá-las.
Incumbido de dirigir a demarcação das fronteiras do Norte, Mendonça Furtado reclamou das aldeias as centenas de remeiros necessários ao progresso da comissão, os milhares de alqueires de farinha e outros gêneros necessários à manutenção de toda esta gente durante anos. O Pará moderno, servido por navios a vapor, comerciando com os dois mundos, estaria à altura de tamanhas exigências; não estava a Amazônia antiga, ocupada na extração do cravo, da salsa-parrilha, do cacau, sustentada quase exclusivamente pela pesca, muito feliz quando a pequena produção agrícola bastava para o consumo ordinário.
Mendonça parece não ter tido idéia clara desta situação, e todos os embaraços fatais, decorrentes da natureza das coisas, atribuiu às intrigas, à malevolência e perfídia dos jesuítas, criminosos obstinados e relapsos de uma monstruosidade sem nome: não terem domesticado as leis demográficas e econômicas às impaciências do irmão de Pombal. Para castigar tão nefando crime, reuniram-se as duas sociedades perfeitas; só uma expiação bastaria: extinguir a igreja na igreja, o estado no estado, que realmente era e não podia deixar de ser o regime dos aldeamentos.
Em 5 de fevereiro de 57, Mendonça publicou a lei retirando aos missionários a administração temporal das aldeias, que deviam ter daí por diante uma organização puramente civil. Os missionários continuariam como párocos sujeitos à jurisdição do prelado. Todos sujeitaram-se a isto exceto os jesuítas por não lho permitirem suas constituições. Ofereceram-se para coadjutores, mas isto não aceitaram o governador nem o bispo.
