Mendonça formulou um diretório em cerca de noventa e cinco artigos, datado de 3 de maio, para reger provisòriamente. Neste código da nova ordem de cousas, o missionário era substituído pelo diretor. A 14 do mesmo mês explicava esta criação do seguinte modo: “E não sendo possível que passassem [os índios] de um extremo a outro sem se buscar algum meio por que se pudesse chegar àquele importante fim, me não ocorreu outro mais proporcionado do que pôr em cada povoação um homem com o título de diretor, ao qual, sem ter jurisdição alguma coativa, lhe pertencesse só a diretiva para lhe ir ensinando não a forma de se governarem civilmente, mas a comerciarem de a cultivarem as suas terras, e tirarem destes frutuosos e interessantissímos trabalhos os lucros que eles sem dúvida alguma hão de dar de si e fazerem-se estes até agora desgraçados homens por esta forma cristãos, civis e ricos, que é o que sem dúvida alguma lhe há de suceder, se os diretores fizerem a sua obrigação”.
Em seguida passou a elevar as aldeias maiores a vilas e as menores a lugares. Um contemporâneo, suspeito por ser jesuíta e não ter presenciado os sucessos, dá interessante descrição destas novidades; também sua cronologia não parece rigorosamente exata.
“Veio-lhe pois ao pensamento dar o nome e os privilégios de vilas à semelhança das que há em Portugal a muitas aldeias que os índios habitavam, não obstante constarem todas de pobres, e rústicas choupanas, a exceção da igreja e casas dos párrocos. Para isto mandando levantar um grande pau no meio de um terreiro, dava a este sítio o nome de pelourinho; depois escolhendo entre todos aqueles selvagens alguns, que lhe pareceram ou pela fisionomia do rosto ou pela mole do corpo, mais hábeis para os empregos, a que os queria elevar, os constituiu como vereadores ou juízes dos mais, dizendo-lhes que eles eram tão bons, como os portugueses: que se governassem a si, sem dependência, ou sojeição alguma dos missionários. Além disto mandou vestir e calçar estas suas novas criaturas, assentá-las á sua mesa, fazendo-lhes nela
